根据中国期刊网统计数据《山西省期刊2008年期刊评价指标（2009版）》，《山西农业大学学报（自然科学版）》影响因子和五年影响因子均名列山西省高校学报（自然科学类）第一。排在前6名的分别是：
    山西农业大学学报（自然科学版）影响因子0.447；五年影响因子0.579
    中北大学学报（自然科学版）    影响因子0.359；五年影响因子0.351
    山西医科大学学报              影响因子0.321；五年影响因子0.307
    太原理工大学学报              影响因子0.309；五年影响因子0.367
    太原科技大学学报              影响因子0.308；五年影响因子0.289
    山西大学学报（自然科学版）    影响因子0.288；五年影响因子0.410
    《山西省期刊2008年期刊评价指标（2009版）》是以cnki期刊总库6600多种期刊为来源期刊统计而得的。

    另据中国学术期刊（光盘版）电子杂志社和中国科学文献计量评价研究中心数据《中国科技期刊影响因子年报（2009版）》，我校学报（自然科学版）影响因子也名列全省高校学报（基础研究、技术研究类）第一。排在基础研究刊前五名、技术研究刊前两名的分别是：
    山西农业大学学报（自然科学版）影响因子：0.329（BRIF）
    山西医科大学学报              影响因子：0.259（BRIF）
    太原理工大学学报              影响因子：0.213（BRIF）
    山西大学学报（自然科学版）    影响因子：0.188（BRIF）
    太原科技大学学报              影响因子：0.160（BRIF）
    山西医科大学学报              影响因子：0.284（TRIF）
    中北大学学报（自然科学版）    影响因子：0.270（TRIF）
    BRIF(基础研究刊的影响因子)是以2567种期刊为来源统计的。
    TRIF(技术研究刊的影响因子)是以3200种期刊为来源统计的。    (供稿：武英耀)